第二天沈飞又收到密信，崇祯说到他和阎应元商量整顿京营的方法，问阎应元京营要淘汰多少人，阎应元回答很干脆“全不可用”，让崇祯吃了一惊，京营编制十二万人，就算吃空饷，实际上一半人总是有的，整整六万人按阎应元的标准没有一个能留下。
阎应元解释戚继光选兵第一条就强调“切忌不可用城市油滑之人”，京营里都是北京累积几代的地痞无赖，是油滑中的油滑。即便本来中间有几个老实人，在这种环境下其他人也非把他带坏不可。必须像戚继光当年在浙江抗倭时一样，踢开卫所兵，另起炉灶在义乌征新兵训练成军才管用。
崇祯被阎应元说服了，不过又问京营六七万人全部一次性裁掉可能会惹出乱子，如果不裁昭旧养着空耗钱粮又不划算。阎应元说与其朝廷裁掉他们，不如让他们自己退出，他已经有了方案。崇祯就任命阎应元锦衣卫指挥使兼管京营提督。阎应元已经以增补一千人为由向京营派出了密探，之前李守琦裁掉三千，揪出冒名一千，折腾掉了四千人，增加的一千人根本没有引起怀疑。
十天后，查清楚了京营的情况，阎应元就开始动手，沈飞也穿上锦衣卫制服去现场看了看热闹。在校场聚集京营三大营人马，先假意说崇祯登基以来还没有犒赏过京营将士，这次要特别在正饷之外给每个士兵发四两银子，在场的人听到这个消息都很高兴，到了规定的时候，所有人都在来到了校场上，平时不来的都特地来领银子了。
这时周围已经搭起了长棚，摆上了桌椅，新增加的一千人都已经穿上了锦衣卫制服坐在桌子后面。阎应元站在校场中间的高台上，左右站着六十个队列整齐手持鸟铳弓箭的锦衣卫，让人把一箱箱银子抬到台下，拿出兵部调令宣布说这些钱既是犒赏，又是提前发的慰劳银。现在建虏猖獗，蓟镇空虚，领完钱三大营调往蓟镇驻扎。
这样一来下面的士兵一阵哗然叫骂，阎应元让两边的锦衣卫放了一排鸟铳警告，训斥说朝廷平时也没有亏待京营，边军连年欠饷，饥寒交迫，他们在京城从来没有缺过饷银衣食，怎么还不满足，要调他们去边镇就这样大吵大闹，再喧哗吵闹的军法从事。镇住了大部分人，还有十几个继续嚷嚷的直接被鸟铳弓箭射杀了，这下没人再敢发场，甚至有些人吓得尿了裤子。
阎应元让他们有什么话推举出一个人来说，前排几个将领商量后，其中一个说京营已经很长时间没有打仗了，镇守不了蓟镇这样重要的地方，阎应元反问莫非北京城不是重要的地方吗？那个副将没词了。接着阎应元说出真实意图，如果有真的不愿意去的也可以，马上退出京营，不过要缴银作为朝廷另外募兵的费用。士兵每人十两，把总二十两，游击将军四十两，参将六十两，大将二百两。
这也是阎应元和崇祯经过商量计算的。进入京营的名额很多人都是买来的，都有些钱和关系。北京城是富商文人官员汇聚的地方，就是把房子租给这些人都能有丰厚的收入，在京城居住几代的市民不会缺钱，何况这些年发给京营士兵的军饷就超过一百两了，要回十两只是十分之一，将官更不用说了。
台下沉默了一阵，从来领银子到要出银子，前后反差太大，一时转不过弯来。阎应元又说要是不退出，今天下午就开拔往蓟镇去，要是中途再反悔当逃兵，军法无情家属连坐。这句话一说，很快有个游击将军表示退出，在锦衣卫的指引下到旁边一个棚子下登记，当场拿出四十两会票给登记的锦衣卫办理了手续，脱下盔甲走了。
有了带头的，其他人也蜂拥而上，大约有五万人要退出，在锦衣卫的组织下，分成每排五十人，半天时间办理完退出军籍手续。带钱的当场交钱，没带钱的登记了姓名住址家庭信息也不怕收不到。剩下的一万人里，经过甄别筛选，又淘汰掉两千人。最后剩下八千人调往蓟镇。崇祯补发军饷让王之臣平息了宁远兵变以后，已经让满桂带一万关宁军移驻蓟镇，这八千人到了蓟镇以后自然由满桂整顿，一天时间，京营就完成了淘汰清理。
当天下午，锦衣卫又抓获了四百名离开军营以后散布谣言的，并且把他们的亲属和背后的势力挖了出来，公示抄家。之前进入京营的一千锦衣卫已经在十天里把京营中最奸猾最喜欢造谣生事的人和他们的社会关系背景查清楚，这些人离开后就跟踪监视，查清楚他们去了哪里、和谁接触、和谁说话后抓起来，稍加刑讯审问就取得了口供，不仅这次串联造谣的事情，连以前干过的脏事都招了出来。关联的太监、商人、勋贵奏报崇祯，崇祯让锦衣卫把他们全抓进了诏狱，有了这些人的榜样，原来的京营士兵再也不敢兴风作浪了。
一天之内把京营收拾干净，很快就成了北京城里街谈巷议的奇闻，官民难得达成了一致，平时被京营士兵欺负多了的小商贩当然开心，一直因为京营这个大麻烦头大的官员们也感觉轻松。
紧接着很快知道了后续消息。阎应元派出两千锦衣卫到北直隶各州府重新招兵，每个招一百人，交代全都要吃苦耐劳，性情刚直的“良家子”。招满二十万人以后经过初步比试淘汰，留了十万人组建新的京营重新开始训练。
训练的内容沈飞非常熟悉，就是在《神雕》世界里干过的，按戚继光的练兵步骤，练胆气、练耳目、练手足、练心力、练营阵、练军器。定期公开测试淘汰，缺额部分再重新招募训练，没有铁饭碗。
阎应元在面见崇祯时提出现在这种办法也只是应急，真正的京营应该汇聚全国精锐军队，定期轮流调集各地精锐组成。这有点像明初建立的京操制度，后来就逐渐废弛变质，变成了各地派人进北京当农民工给权贵干活，受苦受累没有好处。要改变这种状态，就要制度上保障京营服役的利益和优势，让天下将士都把进入过京营服役视作荣耀。
阎应元建议京营军饷更高。在国子监下建立军校，在京营任职的基层将官三年期满后可以优先进入国子监军校，军校学成的优秀毕业生，武职可以担任大将、都督。转文职可以担任尚书，进入内阁。不进入军校的其他将官，提拔升迁时也优先，转文职更容易成为地方和朝廷主官，退役优先安排职位。
对于士兵阎应元和崇祯商量决定了京营轮换制度，三年一换。每三年将官可以升迁转调，士兵可以回乡，否则时间一长就会腐化。京营三大营，正好一年轮换一营，有军情需要，也派出一营就够，三营互相制约防止意外。
阎应元对京营的定位是野战军，守城另设京城民兵，用京城本地居民和京营分开训练，这需要统计京城人口、职业，查清壮丁人数，登记造册，以使抽调壮丁进行守城训练。紧急时，民军也可以作为京营的后备力量，这样才能万无一失。崇祯表示人口普查不仅北京需要，全国都要进行。
接着阎应元又提前制造精良火器的话题，崇祯之后接见了毕懋康听取意见，毕懋康的观点很多与沈飞在《神雕》世界里的吻合，手榴弹和地雷效果最好，宋代的铁壳火球、明代的击贼神机石榴炮，只是明代的黑火药配比硝石超过七成，已经很接近最佳配比了。地雷戚继光发明的钢轮发火柜是现成的，可以作为很多火器的击发装置。
火炮方面，毕懋康也认为笨重的红夷大炮只适合摧坚攻城，野战对付来去如风的骑兵效果不好，推荐一些轻型火炮，比较外形像重机枪的翼虎炮，长三尺重六十斤，有柄有架，比起虎蹲炮重一些，同样可以伴随行军野战。
重型火炮方面，综合红夷大炮和佛朗机优势的神飞炮，子母炮的设计避免炮管过热和炸膛，有一千斤、八百斤、六百斤各种形制，最重的母炮一千斤，五门八十斤子炮，配备多种弹药，攻城可以用二十五斤合口弹（就是和口径同样大小的炮弹），攻击集群人马可以用两种霰弹，两百个平均二两的石弹或五百个平均一两的铁弹，杀伤力远远比红夷大炮强。
火枪方面毕懋康称赞鸟铳的威力和精度，可以射穿铠甲，精度能击中钱眼，鸟铳的名称不仅是指形似鸟嘴，确实可以击落飞鸟，有效射程大概150米。建议阵列轮番发射，连续不断，虽然历史上《军器图说》是崇祯八年才完成，这时也提出了改装机发装置，用火石机发的思路。
接着说到火器质量问题，认为到明代的冶炼技术和欧洲的铸造技术合起来最好，铁心铜体炮是欧洲没有的独创，提到红夷炮其实是葡萄牙人雇佣广东佛山铁匠铸造，南方广东工匠卖给民间和欧洲人的火器制作精良，给官府打造的质量就很糟糕，这是赵士祯书中就提到过的。
崇祯指出这是没有严格的奖惩制度的原因，建虏强征的匠人制造的兵器都很精良。把偷工减料，制造兵器质量不合格的处严刑张榜示众，兵器制造优良的除了报酬还可以给予功名甚至爵位，明初有工匠提升为工部尚书，现在也可以这么办。工匠可以举报官员贪污工料钱，查实后对犯罪官员抄家没收财产，一半奖励给举报者。
毕懋康赞同这些措施。崇祯就任命毕懋康以都察院右副都御史身份监管火器局，像整顿京营一样彻底整顿火器制造。主要就是三条，一进南方广东工匠技术好，就去南方大量招募工匠，不怕多花钱。二是武器打造基地不能集中在北京一处，在别的地方另选四处火器制造工厂。三是除了制造，在北京在招募各种有奇思妙想的人研发新型火器，尤其是毕懋康说的自生火铳，作为第一项重点研发项目，以便大规模制造装备军队。
崇祯正在陆续安排各项工作，为最后摊牌实行“先军政治”作前期准备。沈飞也开始安排校事营前期工作，一是寻访安剑清说的武功可能还在穆人清之上的普照大师的下落。二是调查搜集武林中人犯罪的档案，像温南扬这样已经判决了的杀人逃犯直接让各地上报案卷，没有结案的也着手调查搜集案情和证据。建立今后凡是武林中人犯罪除了在当地立案另送一份案卷交给锦衣卫校事营的制度。
另外趁着京营还处于新兵训练阶段，沈飞完颜萍带着安剑清跑了一趟南京，把大功坊卖了下来。小说中闵子华说一个月前才买下来，不过那是十几年以后的事情了，现在的产业肯定不在他手里。锦衣卫改组以后威势已经今非昔比，要办个买房过户手续很容易，闵子华买价是四千三百两，焦宛儿说便宜了，为了避免别人说闲话，沈飞出了六千两。
虽然没有藏宝图，不过大功坊里面柴房没有几个，很容易找到了十个藏宝箱子，打开一一难看，确实是上面一半各种珠宝翡翠、珊瑚玛瑙、珍珠钻石、猫儿眼祖母绿之类，下面一半是金砖。按明初的经济条件估算，金砖换算成白银大概有几百万两就不错了，至于珠宝值多少钱就要看商业运作了。
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