以后的几年，就是按部就班的培养人才，等待各种政策的长期效果显现出来。对于曾经以蒙元担任官职或者中过进士者，也不是全部一棍子打死，还是留了一些口子，只要能够洗心革面，认识到错误，还是可以获得重用的。
对这些人中立了一个典型，就是刘祯。历史上他是四川明玉珍大夏政权的首席文官，也是元末进士出身，主持四川时却主张“尽逐胡元，以安中夏”，明夏的官制、教育、赋税和诏令文本大多出于他手，被时人视作诸葛亮，在他明确表态转变政治立场以后，也把他吸收进了翰林院的国策院。
第二是对于在蒙元任职的一些色目人，除了像莆寿庚这样南宋叛徒家族、阿合马这样残酷压榨供应元军后勤物资的腐败分子，阿老瓦丁、亦思马因这样造武器的侵略者帮凶必须严厉谴责以外，也有一些人是有不小贡献，没有参与罪行的，这些人当然持正面评价。
比如有“廉孟子”之称的廉希宪，就是维吾尔人，从他父亲开始就汉学精深，以“廉访使”官称为家族取了汉姓“廉”，廉希宪因研读《孟子》有独道心得受忽必烈赏识，是助忽必烈和阿里不哥争夺汗位取胜的关键谋士。
如果不是廉希宪帮助忽必烈和观望的辽东“东道诸王”结盟，平定了四川的内乱，否则忽必烈在丢失四川、辽东和阿里不哥的夹击下必败无疑，晚年主政荆南时也是政声和成绩极好。
类似的还有廉希宪同族出身的贯云石，回族著名文学书画家萨都剌都是，其中萨都剌虽然年近七旬，却还在世，历史上他是1355年去世，离朱元璋北伐1368年早了十三年，现在沈飞把攻陷大都的历史大大提前，就把他召进翰林院文学院任职，还给了他一颗生生续命丹树立为典型了。
对了在蒙元任职的色目人，除了少数恶迹昭彰的以外都给予宽容的评价，原因是在历史上明朝有很多历史名人都色目人后裔，或者就是色目人，典型是朱棣“靖难”之役时激烈抵抗绝不屈服的铁铉就是色目人，这还是在明初，只怕外貌还是保持色目人的特征，不过思想信仰已经完全汉化了。
还有后来大名鼎鼎有世界性声誉的航海家郑和也是色目人后裔，信仰伊斯兰教、佛教和道教，伊斯兰教是他家族的信仰，后来又在道衍（姚广孝）那里受了菩萨戒，下西洋前又正式在南京道教朝天宫受了道戒。
嘉靖时以上疏骂皇帝和清廉刚正著名的海瑞，也是色目祖先海塔尔的后裔，不过从他留下的文集判断到他这一代已经完全汉化成为坚定的儒士，和鲜卑后裔传到唐代元稹一样。陈梧桐之类学者以祖先确定海瑞不会在母亲生日时买肉是依据不足的。
对于仕元的一部分汉人也可以适当放宽标准，蔡元培是反清会党光复会会长出身，担任北大校长时组建“进德会”，戒条就有“不做官吏、不做议员”一项，还是坚持革命党出身不与北洋政府合作的政治立场，不过有一个例外条款“本其学说从事教育学术实业者，不在此限”，也可以参考这一条标准。
那现代天上都有环形山命名的郭守敬、短暂受忽必烈征召为翰林学士很快辞职的数学家李冶、从来没有担任过任何蒙元官职的大数学家朱世杰都是作高度正面评价的人。不过像姚枢、窦默、许衡、吴澄等所谓的“理学”传人曲解经义、提供侵占统治理论基础的则不属于“教育”，当然窦默的医学针灸上的成就还是肯定的。
不过郭守敬的《授时历》是用不上了，沈飞有《碧血剑》世界编写的《崇祯历书》，那个世界从欧洲请来了伽里略、开普勒两位超级大师，加上本土的徐光启、李祖白、薛凤祚、王锡阐共同钻研，加上薄珏制作的望远镜辅助，比历史上那个版本更加精确详实，直接使用和作为教材让翰林院消化就是了。
同样是《碧血剑》世界崇祯朝集体研究的成果，《中国思想史》部分已经假托隐居儒士著作分类刊刻了，整理的数学史成果的相关中国式的数学符号也一样已经出版了，都成了翰林院和国子监的标准教材，通俗文艺作品宣传也在不断创作巡演。
对于已经逃回塞外的北元，在政治宣传和经济双重攻势之下，塔塔尔人、蔑尔乞人的民族意识重新恢复，重新与蒙古人出现隔阂和争斗，通过收购羊毛、牲畜等经济交易不过与下层蒙古人开始反抗北元统治，不过都放弃原先的生活方式归附内地、辽东或者逐渐汉化，或者从事畜牧业及加入骑兵。
一年以后心意把功夫在农村普及练习，以前训练民兵对练作为科举成绩的办法初见成效，扩军十万进行多种兵训练。还是由军官分散训练互相演习对攻，以胜负决定成绩和士兵与军官的升迁，把选拔出来的出色人才上报。
不过从这些上报的军事人才的沈飞倒是看见了一个比较意外的名字：戚祥，河南卫辉人，今年刚好十六岁，心意把功夫和完成新兵训练成绩出色，被提拔成了总旗。
历史上这个人在朱元璋攻占定远前就投奔了他，当过朱元璋的亲兵，追随朱元璋南征北战二十八年，最后洪武十四年追随傅友德、蓝玉在平安蒙元云南残余势力时不幸阵亡，朱元璋看到阵亡名单里有他的名字以后，让他的后人世袭明威将军。
而沈飞看到这个名字以后，第一反应是让人赶紧把他送到南京来，破例收他为关门亲传弟子。原因是他就是戚继光的先祖，也是戚家世袭武职的来源。本来沈飞是不打算再收亲传弟子了，目前还没有成年的一些亲传弟子等待成年修炼完成已经足够了，不过现在看到这样一个大来头的人还是忍不住破例。
只是现在沈飞日理万机，已经没有亲自教导的时间了，给了他亲传弟子的所有待遇，五宝花蜜酒、活骨易筋丹、一阳指洗筋伐髓和一些内功系相应功法秘笈以后，就让师兄师姐们传授他内家拳，之后再进入翰林院各个专业进行全面培养了，当然侧重点还是军事，否则就浪费他们家族的基因了。
又过了一年，陆续出兵拿下或进驻了云南、贵州、山西、甘肃、青海，接谢逊船队从冰火岛返回，沈飞见了她一面以后把他安置到了黄山光明顶，和他们一起返回的还有在路上遇上的一个人：汪大渊。这人是蒙元时期著名的民间航海家。
汪大渊两次从泉州出发，第一次经过南洋，横渡地中海到摩洛哥，再回到埃及，出红海到索马里、莫桑比克，横渡印度洋回到斯里兰卡、苏门答腊、爪哇，经澳洲到加里曼丹、菲律宾返回泉州历时五年。
第二次又从泉州出发，经南洋、阿拉伯海、波斯湾等地，三年后，返回泉州。十年后，将沿途见闻写成《岛夷志》一书刊刻出版。而且汪大渊一生从来没有担任过蒙元职务，非常符合寻访的人才标准。
建国后沈飞就把他列入寻访的第一序列中，不过当时他还在海船上，这次冰火岛一行回返时半路正好遇上他回来，就一起带了回来，只要经过国子监短期训练，消除蒙元统治对他的轻微影响，就是一个可以重用的高级人才。
皇后杨灵月的内家拳修为踏入见神不坏，沈飞决定和杨灵月夫妻联手，亲率十五万大军出塞扫荡北元，由内阁首辅完颜萍监国。
历史上徐达领军那次因为与友军配合不力十万大军被王保保击败，直到后来蓝玉捕鱼儿海（贝尔湖，非误传的贝加尔湖）之战才彻底摧毁北元的行政系统。
为了避免出现徐达那样的意外，这一战沈飞就亲自出手，徐达也在军中。经过半年的征战，不仅完全灭掉了北元，还顺手连在现代俄罗斯境内的金帐汗国也一同扫灭，一战灭了两个汗国，完成了徐达在少林寺中说过的岳飞“蹀血虏廷，尽屠夷种”的志愿，再次封狼居胥，凯旋而回，以后就在沿途修筑水泥路和城堡，避免死灰复燃。
又过了两年，少林寺主脉迁回河南嵩山，三个空字辈，十多个圆字辈僧人修炼《九阳真经》小成，武功大进，不少俗家弟子已经是军中基层军官，在服用了红景天等防止高原反应的草药以后随军进入西藏，在西藏设立行政机构和驻军，同时敕建禅宗少林分寺，由空智和三名圆字辈僧人主持，从此与藏密各派相互交流。
同时有朱元璋、韩山童、徐达、常遇春统帅二十五万大军出兵西域，经过一年征伐，灭掉了蒙元建立最早的察合台汗国，把其领土纳入治下，之后五年一直移民实边，重新按唐代安西、北庭都护府分设行政机构。
到了洪武十五年，第一次全国人口普查数量7200多万，比历史上多一千多万，沈飞没有实行什么鼓励人口的政策，毕竟他和完颜萍、杨灵月也没有生过什么儿女，只是光推广《碧血剑》世界获得人痘种植技术预防天花就使死亡率大为降低，按这个趋势，十年之内，人口就可以破亿。
自己培养的第一批人才已经通过科举成长起来了，也进行了全国人才察举，又经过考核选拔出一千多人，历史上朱元璋让各地官员推荐了八千多人，最后录用了近三千人，现在沈飞排除元遗分子的原则，缩水了一大半，不过人才质量肯定更高。
所有的那些亲传弟子都成为了全才，内家拳连最后加入的戚祥也进入了罡劲，沈飞已经卸下的明教教主职务，传给了小昭。她现在已经恢复郭姓。
郭昭精通圣火玄功、桃花岛系武功、降龙十八掌，郭靖当年修炼《九阴真经》后这门掌法就已经刚柔相济，可以打持久战了，更高级的内功当然也没问题。至于内家拳，精研方向是god首领的通臂缠拳，其绝技“火里栽莲”招式外形极似明教圣火。
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