徐阶当然也是明白了嘉靖的意思，在与杨博等人商量之后，召回了部分御史，同时规定了巡按御史的职责，加强了兵备道的权力，同时规定，有关边墙的修葺等问题，必须由督抚会同总兵、副将、参将等实地勘察之后，报请兵部批准之后再施行，御史仅仅只是监督修葺的过程。
徐阶还下令由左都御史周延和右都御史葛守礼负责整顿都察院，吏部尚书王用宾和内阁一道整顿科道，将一批无事生非，专门以弹劾生事的科道言官加以裁汰。
而同时，蓟辽总督唐顺之正式向朝廷举荐河间知府海瑞为顺天巡抚。此事在科道再次引起波澜，大部分的科道官员都不同意海瑞出任顺天巡抚，因为本质上来说，巡抚乃是都察院的外差，海瑞担任巡抚，照例应当加授都察院右佥都御史一职，也就是成为都察院的高级御史。
但是很多言官们认为，科道选用只有二途。首先是庶吉士改授。其次是考选，参加考选的京官必须是进士出身的主事、中书舍人、行人、评事、博士等，地方则推官、知县。地方推、知入科道，称行取。但是不管怎么说，都必须是进士出身的官员，哪怕是三甲进士呢？
海瑞不过一介举人，就想担任右佥都御史这一职务，实在是有违国朝体例。
这点连徐阶也表现的十分为难，一方面是科道对此反应强烈，一方面徐阶深知，海瑞是朱载坖一手提拔上来的，这次唐顺之的举荐，背后也是朱载坖，若是徐阶阻拦此事，就必然得罪于朱载坖，徐阶又不是傻子，怎么可能干这种事情。
徐阶于是将唐顺之的荐章发吏部，要求王用宾给内阁明白回话，这已经是徐阁老能放水的极限了，让裕王党来审查裕王党的荐章，徐阶的意思已经很明确了。
果不其然，王用宾很快上疏内阁，认为海瑞考绩优良，理当拔擢。甚至王天官还贴心的帮徐阁老找好了理由，王用宾在给内阁的回文中称，王天官查考本朝科道官的选任，科道官选任虽很严格，但不拘出身、资格，进士、举贡、监生皆得补选，知县、学官亦可迁升。海瑞考绩优良、清廉自守，绝对能够担此重任。
而且王用宾还将嘉靖在嘉靖七年所提出的三途并用的用人之策重新拿出来说了，为吏部和内阁找到了依据，徐阶也据此上奏嘉靖，请求任命海瑞为都察院右佥都御史派巡抚顺天。
但是虽然嘉靖御批准允了，但是徐阶还是低估了科道搞事情的能力，吏科都给事中郭汝霖行使了自己的执奏封驳大权，拒不签署吏部给海瑞授官的奏疏，这下直接把事情搞大了，因为吏科执掌吏部引选之诸旨，外官领文凭之画字，他不签字，海瑞连官凭都领不到。
同时郭汝霖还上奏嘉靖，认为官员仕途流转，应当重视资格出身，科道清贵之所在，应当更加重视选人，海瑞一介举人，怎么能够担任右佥都御史这样的要职，并且派巡抚顺天，京畿之地，择人要更加谨慎，同时他还参劾吏部尚书王用宾，选人失当。
王用宾也不甘示弱，随即上疏加以驳斥，王用宾拿出的嘉靖六年的诏书，嘉靖在这份诏书中明确要求：着吏部、都察院查照祖宗朝有行旧例，将两京主事、寺副、评事等官，访有素行端谨、器识老成者与行人、博士、推官、知县等官一体考选除用；其推官、知县不必拘定进士出身；举人教官出身，有学行政迹者，亦量为甄拔。
王用宾是按照嘉靖的诏书执行，有什么错误，吏科分明是无事生非。同时王用宾还拿出了嘉靖十四年嘉靖的御批，当时嘉靖针对御史选用，有过明确的指示，嘉靖说道：“御史考选数多，在外推官、知县有抚、按考语可据，依拟选用。在京主事等官，须同各本堂官评议堪否，疏名改授。”
而选用海瑞为右佥都御史巡抚顺天，正是依据蓟辽总督唐顺之的荐章，吏部在查阅了海瑞的考绩之后作出的决定，不得不说，王用宾做事情还是极为稳妥的，一下子把吏科驳斥的无话可说，毕竟三途并用是嘉靖的旨意，总不能公开违背嘉靖的旨意吧？
虽然大家都很清楚科道不愿任命海瑞的原因，但是这个原因是不能拿出来说的。徐阶再次拿出首辅之尊，要求科道撤回封驳，执行吏部和内阁的命令，在徐阶的压力下，吏科不得已还是签发了任命海瑞为右佥都御史巡抚顺天的文书。
徐阶不禁无奈，这个首辅，一天干的是些什么事情！正当徐阶以为此事已经告一段落的时候，没想到海瑞拒不奉诏，不仅不奉诏，还要辞职，海瑞上疏自劾，请求朝廷将自己罢官。
结果徐阶一看，这哪里是什么自劾的奏疏，分明是痛骂的奏疏。海瑞在奏疏称自己才德浅薄，不胜此职。为什么不能胜任呢？因为自己只是举人出身，哪里比得上这些进士出身的官员呢？
海瑞直言不讳的说道：夫荐举之数，多重甲科，轻贡举。夫甲科外补，固多砥砺名节，志期远大，然贪肆不检者，亦往往有之，率以小过而见宥。将现在选官用人的怪异现象揭露无疑，其实这也是大明的基操了，进士出身的官员们，有同科帮衬，坐师提拔，自然是官运亨通，即便是有过错，也有人为了开脱包庇，而举人们则往往是背锅侠。
海瑞还在奏疏中称：荐举纠劾，所以劝儆有司也。今荐则先进士而举监，非有凭藉者不与焉。劾则先举监而进士，纵有訾议者罕及焉。晋接差委，专计出身之途。于是同一官也，不敢接席而坐，比肩而行。诸人自分低昂，吏民观瞻顿异。助成骄纵之风，大丧贤豪之气。臣以末途，敢居清贵？是故不敢以卑身及贵官也！
徐阶看了之后，血压都快爆表了，这哪里是什么自劾奏疏，分明是骂娘的奏疏！
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