三月，海澄有密献城者，经欲亲往接应，遂整舟师。泰侦知，疑为图己，将眷口悉下船，出港口湾泊。有劝泰入厦门见经陈明。泰曰：“吾今日惟自救耳！若称兵而入，适重吾愆。”又有劝其“如此终难了局，不如投诚。”泰曰：“先太师业已误矣！泰岂再误乎？”俱不听。后海澄事觉，经不果行。泰仍收回金门，终不自安。经闻泰举家在船情状，心愈惶惑。全斌曰：“事久则变，不加用香饵法饵之，方可。”经曰：“何谓香饵？”全斌曰：“藩主可称台湾新创地方，无人约束，恐生意外之虞，欲眷口尽搬过台安插，然后西向。而金、厦各岛，暂交伯总制。安彼之心，再作计较。”经曰：“此计甚善。”遂铸‘金厦总制印’。
五月，率泰以前岁用反间之计无效，兹乘安辑投诚郎中贲岱之报，复再疏曰：“为驰报海上情形事。康熙二年四月，安辑投诚部臣差笔帖式同提臣差官马天禄到省谒靖藩与臣。据笔帖武备云‘现差林怀前去招抚伪郑侯泰等。据云：必俟藩院字到，方为真实’等语。靖藩与臣密商：海上诸伪革面取心，难以凭信，总以遵旨登岸剃发为凭。不妨奉阳朝廷浩荡洪恩，以昭诚信。靖藩与臣随各修剀切一札，付部臣来差转赍去后。五月十一日，据伪建平侯郑泰差伪总督杨来嘉、杨洪赍启书赴靖藩与臣军前。阅其书，说向化似殷，但以人众，虑登岸安插难周之意。又据榭来嘉等口称：‘三侯遵照前旨登岸剃发，面见藩院。仍回金门、厦门侯旨’等语。臣等细思，三伪侯既已登岸，又欲仍回，语属游移。矧今郑泰率众登舟，移泊金门，归诚之心似切。其洪旭、黄廷等，或厦门、或铜山，未必即能齐心一同登岸。随面谕杨来嘉等：‘不必拘定取齐。如三侯一同登岸剃发，固不失前议；抑或郑侯先来，洪、黄二侯陆续而来，亦无不可’。总之，郑泰既倾心向化，事事恪遵旨意，既已率众登岸，何必又同厦门？若仍如此议论，不敢遽以入告。必须三侯带领官兵前来安海地方上岸；或郑泰先来上岸剃发；其香官兵并百姓等，但要遵制剃发，差验明原住金门、厦门的，照旧暂住，侯旨安插：方敢代为会疏题请，于投诚有功，皇恩浩荡，自当不论爵赏，抚绥得宜。面谕杨来嘉，令其回去海上说明。订以次月初旬，赴省回话。缸等一面申饬严防，一面整率兵马，俟有的期而来登岸，毋论一旅、或全岛、或陆续，随到随收，次第安插。谨将近日情形，会同合疏密题。若夫海上人情叵测，或变幻多端、或观望未决，臣等所不及料者。但固有闻必告，尽臣谊之当然。”
六月，经令礼官郑斌、户官吴慎乔印赍过金门与泰。且传命曰：“先王新辟台湾，甫一载即遭凶变。今虽底定，无人调度为忧，意决东行。诸岛地方，烦伯总制。”泰喜受印，厚待斌，终未敢过厦称谢。弟鸣骏不知其兄细隐，固请曰：“骨肉至亲，受托土地童寄，何用如此迟疑，而贻笑于人！”泰稍同意。又报：“初四日，经头程载黄安、杨祥、刘国轩等眷口船过台”，，而鸣骏力劝其行。初六日，泰往厦见经，经待之如常。语及成功，两相恸哭，礼意倍厚；且嘱其南北固守。泰无疑焉。初七日，经置酒遨泰议事，伏甲兵于内。半席，经掷杯于地，喝左右擒泰。泰言：“何罪？”经出其与黄昭书，泰无可答。经令将泰缢死。即遣周全赋督大熕船随潮往金门，抄泰家。
鸣骏于是夜三更，得其亲随张益同水师镇蔡璋逃回报信
七月，经以黄廷子为辉为思明知州。
八月，迁沿海居民入内地。
九月，台湾揆一王欲在海外再觅一岛安身，希图恢复；但浪游载馀，无处可以托足。后闻成功死，通事李瑞献策曰：“国姓已死，诸人不足畏；将船驾入福州港投清朝，请兵报仇。回复台湾。”王大喜；听其谋，将船悉入福州港，见耿继茂、李率泰，哭诉始末，愿为前矛，引攻诸岛，然后借大师之力，共复台湾故址。茂与泰许之，即调一应投诚官兵，会同红毛夹板，平诸岛。黄梧、施琅在石码、海澄督造战舰；马得功、郑鸣骏、陈辉、郑绪昌、杨富、何义、杨来嘉等在泉港收拾战船，以待会师进剿。
时有左右逢迎马得功者语得功，以郑侯海上简练打造自己坐驾，桅舵航席，坚牢好驶。得功遂蓄怀中。将欲出军之日，得功会鸣骏于船厂，大夸奖鸣骏坐驾不去口。骏会意曰：“若不弃鄙陋，奉让何如？”得功谢之，将自己坐驾船与鸣骏换。得功遂先坐其船，往同安港巡视提调。
郑经因鸣骏率其文武投诚，一时乏人。忽内地
十月十九日，相通于金门乌沙港。全斌以红毛船大，必在深港。督其舟师，由边而进，互相攻击。忽杨富诸船至，斌首先直冲内，富与战，少怯。斌喝曰：“杨富叛贼，今日是汝死日！”逼之，富众伤死殆尽。情急，从舵后扳肚带下水
经见黄廷船失势坐遁，欲令王秀奇督熕船往救。而水正退，风又逆。旭曰：“且浮碇；看水转，必有风，方可进兵。”未几，快哨报：“高崎守将陈升投诚，厦门已失！”秀奇曰：“如此，即有风潮，亦徙费其劳。且暂退铜山，再作商量。”旭亦劝经下铜山。经从二人议，遂率诸船下铜山。而陈永华、冯锡范保护董夫人暨诸宗亲、绅矜兵民眷口，亦到。独全斌一旅敌住夹板、泉州、同安诸师，至，日将暮，二十船无一失者。知厦门失守，全军从容退泊浯屿。林顺寄湾镇海，金门亦破。夹板与诸船集厦门港，率泰方知得功阵亡，大恸哭。红毛登岸，凡庵观庙宇神佛诸像俱被损坏，以为鬼也；惟有达摩存之
二十六日，黄梧劝率泰，乘得胜，令夹板为前导，引大队攻铜山，则郑经可擒。率泰曰：“虽金、厦已破，奈昨日之役，提督新丧，彼师无伤。况‘穷寇勿追’，追之则逸台湾。谅彼此时人心风鹤，可差人到铜山，宣布朝廷德意，并四处招降，以散其党羽。倘计穷受抚，亦免士卒劳苦；如再顽抗，移师未迟。”将所有夹板船只尽停厦门，令梧与琅差人往镇海、铜山招降。
郑经知全斌擒得功，船又无失。遣郑斌赍银牌币帛，往浯屿犒赏，大加褒奖。令其暂守浯屿，相机恢复厦门。耿继茂、李率泰差官咸至铜山，传宣朝廷德意招抚。又密通忠振伯洪旭，若生擒郑经，许请封为同安侯，镇守泉州，加海澄公样。旭笑而却之。经仍执高丽事例；若欲削发登岸，虽死不允。送其差还。
康熙三年甲辰
二月，忽报守南澳护卫左镇杜辉勾通潮州镇海将军王国他从揭阳港投诚。洪旭见日报诸将叛去，谓经曰：“金、厦新破，人心不一，铜山必难保守。况王、院差官仆仆前来，非为招抚，实窥探以散人心。今各镇纷纷离叛，日报无宁咎。当速周台湾！苟迁移时日，恐变起肘腋，悔无及矣！”经是之。令陈永华、冯锡范送董夫人眷口先行。然后请宗室暨乡绅商议：如欲相从过台者，速当收拾，拨船护送；若不愿相从者，听之。时有有宁靖王、滤溪王、鲁王世子、巴东王诸宗室等同乡绅王忠孝、辜朝荐、沈佺期、郭贞一、卢若腾、李茂春，悉扁舟从行；惟徐孚远驾船归华亭。冯澄世船至东碇外，有仆利其财，谋众船，逼澄世赴水死，入泉州投诚
三月初二日，卢若腾至澎湖有微恙，不二日死。遗命题其墓曰“自许先生。”后人有诗吊之曰：“世外孤崖托老身，从来自许汉朝臣。十年后死非无意，三代完名信有真！避地宁为浮海计？绝周不作采薇人。残黎在在同声哭，想像闲时旧角巾。”经驰令周全斌、黄廷二人断后。
经同洪旭、杨祥等初六夜放洋。初七日午，到澎湖。闻乡绅卢若腾死，亲往哭祭。遂与洪旭踏勘诸岛。旭曰：“澎湖乃台湾门户，上至浙江、辽东、日本，下通广东、交趾、暹罗必由之路，当设重镇镇守，不可苟且。倘被占踞，则台湾难以措手足。”经然其议，就妈祖宫设立营垒，左右峙中置烟墩、炮台，令薛进思、戴捷、林陞等守之，以四阅月更代。初十日，经率大队过台湾。
全斌接经论：“同黄廷断后”，思与廷、旭有宿赚，恐过台为其所嫉，遂遣心腹将沈吉送其子周智与率泰为质，泰许封伯爵。吉覆命，斌统众从潭浦镇海卫投诚
率泰知郑经已遁台湾，即移舟师到铜山。驰令各岛姓沿边百姓，尽移入内地。逢山开沟二丈馀深、二丈馀阔，名为‘界沟’。又沟内筑墙，厚四尺馀，高八尺
六月，荷兰揆一王见诸岛既平，徙百姓于内地，严立界限以守；而总督又班师回省，是无意渡海攻台。一时情急，领诸夹板尽入福州港，谒耿继茂、李率泰，陈其有功前导，用力争战，原约合师代彼恢复台湾。今诸岛既平，何不合师？便尔回兵，岂不失信？茂与率泰咸覆以“平诸岛，原议合师；但进兵大事，出在朝廷，非我二人敢专也。前会有约，自当代尔合疏题诗。俟命下之日，然后可兴师”以慰之，水师提督施琅以“郑经遁台湾，若不早为扑灭，使其生聚教训，而两岛必复为窃据。当乘其民心未固。军情尚虚，进攻澎湖、直捣台海。庶四海归一，边民无患”，详请耿继茂、李率泰。泰与继茂见琅详议妥确，筹画有方；兼之红毛又议其不合攻台湾爽信，遂合疏讲题进剿。
七月，郑经分配诸镇荒地，寓兵于农。又在承天府起盖房屋，安插诸宗室暨乡绅等。
八月，改东都为东宁，天兴、万年二县为州。
揆一王守候无期，仍率夹板尽上浙江。顺次普陀，登山入寺。见观音菩萨、罗汉金相，诧曰：“鬼也！”开拔所佩剑砍坏。群居于内。十月，揆一王引诸夹板欲去舟山。船将出港，忽天昏地黑，雷电闪烁，暴风震雨，波涛淜澎，海中突出‘铁莲花’，将荷兰所有夹板刺沈于海，死无遗类
十一月，部文到，允水师提督施琅统诸投诚官郑鸣骏、郑缵绪、黄廷、周全斌、杨富、陈胜、杨来嘉、林顺等进攻澎湖。琅差快哨，于海外寻揆一王夹板为先锋。
十二月，北路土番阿狗让反。郑经遣勇卫黄安平复。
康熙四年乙巳
侦哨回复施琅云：“夹板因上普陀山，获戾观音菩萨？菩萨显圣，于出港日，突出铁莲花刺沈夹板，尽没于海。”琅闻，晓异之。遂在泉州、海澄二港，修造船只，择日兴师。
二月，侦报：“施琅将船欲出攻澎湖。”郑经会洪旭、黄安、陈永华、颜望忠、冯锡范、杨祥等商议。旭曰：“前者红毛失守，因恃其港路纡回，炮台可恃，而不把守澎湖，致先王一鼓而下。今日红毛已没，诸将未曾经到此地；独周全斌两次进剿，暗晓情形。可速将赤嵌密筑炮台，设大熕船十只把守鹿耳门。再令一将，督舟师往澎湖御之。澎湖固守，则东宁可以高枕。”锡范曰：“督熕船守鹿耳门者，非杨祥不可。”经从锡范请。第出御澎湖，未有其人。颜望忠曰：“望忠受恩两世，当此危急之际，敢惜微驱而不向前乎？”经大悦，抚忠背曰：“今日得公前去，余复何虑？到澎，当相地择险，据要设备以待！”忠领命。经令洪旭抽各镇屯田者十之三，又拨勇卫、侍卫各半旅，共万有馀人，分配大熕船二十只、鸟船，赶绘各十只，合戴捷、薛进思、林陞、林应等舟师御敌。又令刘国轩带一旅守鸡笼山，何祐带一旅守大线头。
三月，颜望忠至澎湖，就娘妈宫屯设大营；于左右峙各整炮台，令戴捷、林陞二镇守之。
四月，施琅见船只已备，遂会藩、院，调诸投诚官郑鸣骏、黄廷、郑缵绪、何义、陈辉、杨来嘉、陈蟒、林顺、杨富等兵分配，飞题报出师日期，将大队舟师出铜山。十五日，开洋。是夜三更。至清水墘
五月，琅等悉同海澄。颜望忠列船澎湖，后侦知琅等船只被台风打散仍收回厦门，申文宽限；亦即报经。六月，经驰令薛进思同林陞守澎湖各岛。调颜望忠所带诸军与戴捷等船只班师回台湾。经大犒赏。令勇卫、侍卫之半旅仍归伍。其各镇调拨之三者，仍归屯所耕作。刘国轩、何祐等陆师亦令其回。
七月，勇卫黄安病故。经大悲恸，厚葬之，以其子为婿。
八月，以咨议参军陈永华为勇卫
康熙五年丙午
三月，经以陈永华为学院、叶亨为国子监助教，教之养之。自此台人始知学。
六月，谣传水师提督施琅船只修葺完备，业已咨请靖藩耿继茂、总督李率泰，又欲出师进攻澎湖。郑经令林陞遣侦探入内地细查飞报，以便备御。
七月，侦报：“水师出船，日期无定”。忠振伯洪旭
八月，吕宋国王遣巴礼僧至台页问。经令宾客司礼待之，以柔远人。巴礼僧求就台起院设教
忠振伯洪旭偶沾寒疾，经令医调治，朝夕巡视。奈年老，忧劳过度，遂不起。大恸曰：“经何不幸，丧此元老！”亲为治丧祭奠，择葬尽礼。以其子磊为吏官、永华之侄绳武为兵官、杨英为户官、叶亨为礼官、柯平为刑官、谢贤为工官、冯锡范为侍卫、刘国轩为左武卫；薛进思为右武卫、柯祐为左虎卫。
九月，陈永华安插已定，船只整备，又加年丰；但寸帛尺布，值价甚高，皆由设法未稠，故不流通。启经曰：“诸岛沿边，迁移业已三载；清朝亦知我们株守而无西意。然台湾远隔汪洋，货物难周，以致兴贩维艰。当令一旅驻札厦门，勿得骚扰沿边百姓，善与内地边将交，便可接济，并无侦探边事。且澎湖不用重兵把守，只留一镇潮防，飞报可矣。”经曰：“此论诚是。第未知差拨何将？”华曰：“拨将即当拨兵，今日两卫之军，不可移动；分屯之众，恐失农时。前有镇海太武山江胜
时厦门有陈白骨、水牛忠等，招纳亡命千人，侵掠沿边内地。胜令人招架之，不从督兵与战，胜失利，遁泊铜山。思难与敌，闻粤东之湖阳人邱辉
十月，邱辉整船同胜师至厦门，胜从崎尾登岸，水牛忠、陈白骨共敌胜。战未几合，忽邱辉大队就水仙宫登岸，突出围击。白骨同水牛忠大败，抢船遁去。胜收其众，大谢辉；辉仍同达濠。胜踞厦门，斩茅为市；禁止掳掠，平价交易。凡沿海内地穷民，乘夜窃负货物入界，虽儿童无欺。自是，内外相安，边疆无衅。其达濠货物，聚而流通台湾。因此而物价平，洋贩愈兴。
十二月，经撤守澎湖薛进思等兵回台湾开垦。
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